همانطوریکه در شکل زیر نشان داده شده است، خطر آلوده شدن آبهای زیرزمینی در چاه های عمیق به مراتب کمتر از دیگر چاه ها می باشد.

سیستم های فاضلاب محلی می توانند بگونه ای طراحی شوند که از وقوع آلودگی آبهای زیرزمینی جلوگیری بعمل آید. در این رابطه دستورالعمل های مفصلی وجود دارد که با استفاده از آنها می توان فاصله ایمن جهت حفاظت از منابع آبی زیرزمینی در برابر آلودگی ناشی از سیستم های فاضلاب محلی را تخمین زد. برای پیدا کردن محلی ایمن جهت استقرار سیستم های فاضلاب، معیارهای زیر را باید رعایت نمود:
•    فاصله افقی بین منبع آب آشامیدنی و سیستم فاضلاب
•    در این رابطه مقادیر بسیار متفاوتی برای فاصله افقی بین سیستم های فاضلاب محلی و منابع آب پیشنهاد می شود (مثلاً بین 15 تا 100 متر ).
•    فاصله عمودی بین چاه آب آشامیدنی و سیستم فاضلاب
•    جنس خاک منطقه ای که در آن سفره آب زیرزمینی قرار گرفته است
•    جهت جریان آب زیرزمینی
•    لایه های نفوذ ناپذیر
•    شیب و سطح زهکشی
•    حجم نشتی فاضلاب
•    در نظر گرفتن یک موقعیت فوق العاده، یعنی باید منطقه بزرگتری برای اجرای طرح در نظر گرفته شود.
به عنوان یک دستورالعمل بسیار کلی، توصیه می شود که کف گودال حداقل 2 متر بالاتر از سطح آب های زیرزمینی، و فاصله افقی بین گودال و منبع آب حداقل 30 متر باشد تا منبع آب زیرزمینی در معرض آلودگی میکروبی قرار نگیرد. با این حال، هیچ دستورالعمل واحدی در مورد تعیین حداقل فاصله مورد نیاز برای جلوگیری از آلوده شدن چاه وجود ندارد.
راه های موجود مقابله با آلودگی آبهای زیرزمینی را می توان به دسته های زیر تقسیم کرد: ریختن مواد آلاینده در یک محفظه برای جلوگیری از انتشار بیشتر آنها، و برطرف کردن آلاینده از اطراف مناطقی که سفره های آب زیرزمینی در آنها قرار گرفته اند. چنانچه هنوز منبع آلوده کننده در محل وجود دارد، باید آنرا دور نمود. تصفیه آب های زیرزمینی در محل استفاده از آن. و یا در نهایت، رها کردن استفاده از آب های زیرزمینی موجود در منطقه مورد نظر و پیدا کردن یک منبع آب جایگزین.

 

علامتی در نزدیکی منطقه Mannheim ، در آلمان که در آن قید شده است:
"منطقه حفاظت از آبهای زیرزمینی"